Когато инфектиращият духа вирус "Подпалвача" започва да се разпространява из системата и води до убийството на японския министър-председател, майор Мотоко Кусанаги и елитния й отряд са призовани да проследят източника му. Докато задълбават все по-дълбоко и дълбоко в своето разследване, те разкриват следи от правителствена корупция и се натъкват на един доставчик в сянка, който носи на всички познато лице.