Изминаха две години от нападението на CCG над Антейку. Въпреки че атмосферата в Токио се е променила драстично поради засиленото влияние на CCG, духовете продължават да представляват проблем, тъй като са започнали да внимават, особено терористичната организация Aogiri Tree, която признава нарастващата заплаха на CCG за тяхното съществуване.

Създаването на специален екип, известен като Quinx Squad, може да осигури на CCG силата, от която се нуждаят, за да унищожат нежеланите жители на Токио. Като хора, които са претърпели операция, за да се възползват от специалните способности на духовете, те участват в операции за унищожаване на опасните създания. Лидерът на тази група, Хайсе Сасаки, е получовек, получовек, който е бил обучен от известния следовател от специална класа Кишоу Арима. В този млад мъж обаче има нещо повече от това, което се вижда на пръв поглед, докато неизвестни спомени нахлуват в съзнанието му, бавно му напомняйки за човека, който е бил.