Историята се развива в Домино Сити дълги години след легендарния дуелист Юги Муто. Градът сега се казва Ню Домино и е модерен град с високи технологии, небостъргачи и стадиони. Турбо дуелите, дуелите с мотори, са новият популярен вид дуелиране. Юсей Фудо живее в гетото на града. Но със своя нов мотор смята да предизвика стария си приятел, Джак Атлас, сегашния крал на дуелите.