Сериалът се фокусира върху четирите костенурки нинджа: Леонардо, Рафаело, Микеланджело и Донатело, които са обучавани от майстор Сплинтер. Те се борят с престъпността в Ню Йорк, като се противопоставят на злодеи като Бандата на Пурпурните дракони и Кланът Фут.