Малкият Шон Дейвидсън става свидетел на убийството на баща си. Той започва да тренира бойни изкуства и става нинджа. На остров в Карибско море се провежда турнир по карате, на който Шон решава да участва. Но на острова мощен терорист, известен като "Кобра" заразява със смъртоносен вирус Шон Дейвидсън, американската нинджа в неговите биологични експерименти, които прави, за да създаде могъща армия от нинджи. Шон и неговите партньори Къртис Джаксън и Декстър нямат друг избор освен да се борят с "Кобра" и неговата армия от генетично модифицирани нинджи, водени от Чан Лий.