Заклещени на примитивна планета, две враждуващи фракции, "Maximals"и "Predacons" от "Transformers", раса от съзнателни роботи, се бият за свещеният си "Energon". Скоро те съзнават, че има и други сили, работещи на планетата - могъща извънземна раса, която не одобрява тяхното присъствие. Колкото по-дълбоко дълбаят в историята на планетата, толкова повече разкриват ужасна тайна, тя не трябва да попада в грешни ръце, защото съществуването на цялта им раса ще бъде застрашено!

Протичащ в 26 епизода, първият сезон на BW, излъчен през 1996г. започнал с неволен паралел с оригиналните анимирани серии, представяйки на зрителите Максималът Оптимус Прайм, Предаконът Мегатрон и екипажите им, докато корабите на двете фракции се разбиват на непозната планета и започват битка за намереният на нея енергон. Макар в общи линии да представлява сбор от отделни, епизодични истории, първият сезон на BW се фокусира върху хакартеризацията, разкривайки личностните характери на отделните герои. Сред на пръв поглед самостоятелните епизоди се очертава обединяващ сюжет, включващ тайнствена, извънземна раса, провеждаща експерименти на планетата. Така се достигнало до завършека на първия сезон, състоящ се в две части.

През вторият сезон, излъчен през 1997г., някои от героите били обновени до "трансметални" форми. Сюжетът също търпи развитие - става ясно, че планетата, на която са се приземили аварийно Максималите и Предаконите, е Земята. Появяват се нови сблъсъци с извънземната раса и нови препратки към Generation 1 - с гостувания на Трансформъри от тази ера. Оказва се, че Оптимус, Мегатрон и екипажите им са се върнали далече назад във времето: преисторическите времена на Земята.

Третият сезон се върти около желанието на Мегатрон да промени миналото, обезпечавайки победа за своите прадеди - Десептиконите и борбата на Оптимус Праймъл да запази бъдещето и респективно събитията - непроменени. За създаването на последният епизод от поредицата бил повикан на помощ дългогодишният създател на TF комикси Саймън Фурмън.