Приключението прераства в сражение с появата на Мюту - клонинг, създаден от ДНК-то на най-редкия от покемоните - Мю. Решен да докаже надмощието си, Мюту подмамва Аш, Пикачу и още няколко треньори на остров, където ги предизвиква в битка, невиждана досега. Мюту срещу Мю и така едни срещу други се изправят суперклонинги срещу покемони... В решаващ сблъсък, от който зависи бъдещето на света.