Ентърпрайз открива древен спящ космически кораб, SS Ботъни Бей, избягал от Евгеничните войни на Земята в края на 20 век. Генномодифицираните пътници, водени от военнопрестъпника Хан Нуниен Сингх, поемат контрола над Ентърпрайз и се опитват да унищожат кораба. (Този епизод служи като предистория на втория филм на Стар Трек - Гневът на Кхан.)