В третия и последен сезон на Shakugan no Shana конфликтът между Пламтящите мъдрeци (Flame Haze) и Томогара достига своята кулминация. Юджи Сакай, който преди бе обикновен ученик, взема съдбоносно решение – той се съюзява с Бал Маске и става техен лидер, приемайки титлата „Богът на съществуването“ (Sairei no Hebi).
Докато Юджи преследва своята визия за нов свят без конфликти, Шана и нейните съюзници се изправят срещу него, вярвайки, че неговият план може да доведе до катастрофални последствия. Голямата битка между Пламтящите мъдреци и Томогара разтърсва реалността, а съдбата на света и връзката между Шана и Юджи висят на косъм.