След като първият сезон завърши с напредъка на Аято и Юлис в турнира, вторият сезон се фокусира върху по-интензивните битки срещу все по-силни противници. Аято продължава да търси начин да преодолее ограниченията на своята сила, докато разкрива повече за тъмните заговори, свързани с академията и експериментите върху неговата сестра.