Юги Муто е наивен и самотен ученик в гимназията. Докато е при дядо си, собственик на магазин за игри, той попада на древноегипетска реликва, известна като „Хилядолетният пъзел“. Говори се, че изпълнява всяко желание на тези, които решат пъзела, и Юги е решен да го реши, за да си пожелае приятели. След години на борба, Юги успява да завърши пъзела и мистериозно открива, че желанието му е изпълнено.
Междувременно, нова игра с карти, известна като „Дуели с чудовища“, започва да набира популярност.