Учениците се завръщат обратно за началото на втория срок в училище. След подвизите им на острова по време на лятната ваканция, 3-ти „Е" клас продължава да заостря оръжие срещу своя учител Коро-сенсей (Koro-sensei). Но сега те трябва да се притесняват не само за своя учител, но и за всичките наемни убийци, стари и нови, които се борят за главата му, след увеличената парична награда.

Също така, противниците им от „А" клас, както и страховитият директор на гимназия Кунугигаока (Kunugigaoka Junior High), ce опитват да им попречат да достигнат добри академични резултати. С всички тези предизвикателства срещу тях, клас „Е" трябва да продължат да работят заедно, за да преодолеят враговете си и да достигнат своята крайна цел убийството на своя учител.